中国海洋大学学报(自科版)

2008, No.160(01) 78-88

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栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
Fosmid Library Construction and Genomic Structure Analysis in Zhikong Scallop(Chlamys farreri)

程洁;张玲玲;黄晓婷;张灿;王师;胡景杰;包振民;

摘要(Abstract):

研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍。栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排。所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间。由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究。2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646条序列。序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰。共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条。共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%。查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多。BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E

关键词(KeyWords): 栉孔扇贝;Chlamys farreri;fosmid文库构建;序列分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家高技术研究发展规划项目(2006AA10A408,20060110A4013);; 高等学校博士学科点专项科研基金(20060423015);; 教育部留学回国人员科学启动基金资助

作者(Author): 程洁;张玲玲;黄晓婷;张灿;王师;胡景杰;包振民;

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参考文献(References):

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