中国海洋大学学报(自科版)

2013, v.43;No.213(01) 56-63

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栉孔扇贝EST-SNP标记开发及多态性分析
Development and Characterization of EST-SNP in Chlamys farreri

李纪勤;包振民;李玲;胡晓丽;

摘要(Abstract):

EST(表达序列标签)数据库发掘是单核苷酸多态性标记(SNP)开发的重要途径。本研究利用栉孔扇贝转录组测序数据进行SNP筛选,在含有4条EST以上的18 780条contig(拼接序列)中,共获得21 813个候选SNP位点。利用高分辨率熔解曲线结合非标记探针技术,对其中90个位点在4个野生群体中进行了位点多态性检测。得到33个(36.7%)具有二等位基因位点,并对其中26个位点进行了功能注释。进一步的标记验证显示,33个多态位点在青岛野生群体的48个个体中均成功分型,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.062 5~0.744 7和0.099 8~0.504 6,其中5个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,各位点间没有检测到连锁不平衡。研究为栉孔扇贝群体遗传学和遗传育种分析提供了候选标记。

关键词(KeyWords): 栉孔扇贝;单核苷酸多态性;表达序列标签;高分辨率熔解曲线

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家重点基础发展计划项目(2010CB126406;010CB126402);; 国家高技术研究发展计划项目(2012AA10A402,2012AA10A405);; 中国海洋大学水生生物种质资源标准化及资源共享项目资助

作者(Author): 李纪勤;包振民;李玲;胡晓丽;

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